סידור קול אליהו נערך על פי סדר נוסח התפילה המובא בספרי האר"י הקדוש, עם תוספות מספר "לשון חכמים" של עטרת ראשנו רבי יוסף חיים מבאגדד בעל הספר "בן איש חי". הסידור כולל הלכות רבות בנוגע לכמעט כל חלק ולחלק בתפילה. ההלכות המובאות בסידור ממקורות שונים – בניהם: מרן רבי יוסף קארו (שולחן ערוך), האר"י הקדוש (בעיקר משער הכוונות), רבי יוסף חיים (בעל בן איש חי) וכמובן מרן הרב מרדכי אליהו זצ"ל. את הסידור ערכו על פי הסידור קול יעקב ולאחר עריכות רבות של הרב שמואל אליהו והגהות של הרב יהודה כהן, הרב גבריאל ביטון והרב דוד פתחי הסידור יצא לאור במהדורות רבות.

הסידור מדויק מאוד – על כמויות ניתן לקבל הנחות גדולות.